所谓的“纯净之地样本”，竟是被基因改造的儿童。夜莺的真实目的是利用这些孩子的特殊基因，制造出能“筛选人类”的终极病毒。与此同时，钢铁港的丧尸因病毒浓度过高产生群体意识，它们如同潮水般涌向货轮，而利维坦机甲也被激活，开始无差别攻击一切生命体。

韩凛决定摧毁冷冻舱阻止夜莺的计划，却遭到拾荒者小队成员阿凯的背叛——他早已被夜莺收买，企图带走样本邀功。混战中，阿凯被失控的利维坦机甲的病毒炮击中，变异成半机械丧尸。韩凛为保护众人，独自引开利维坦机甲，在港口引爆油罐，与怪物同归于尽。苏妍带着孩子们突围时，意外发现其中一名女孩竟能与丧尸产生精神共鸣，暂时平息尸潮。

回到曙光城，苏妍率领反抗者推翻了影噬组织的统治。然而，夜莺在撤离前启动了隐藏在城市地下的“末日播种机”——数百枚携带新型病毒的导弹即将发射。千钧一发之际，能与丧尸共鸣的女孩用精神力干扰了导弹系统，苏妍则带队摧毁了发射装置。

尘埃落定后，苏妍带着孩子们踏上寻找真正纯净之地的旅程。而在远方的雪山之巅，夜莺望着手中的基因样本冷笑，她的身后，一支由机械丧尸组成的军队正在集结，新一轮的危机，正悄然逼近...