西北后方，马鸿逵一方面对国民政府保持名义上的服从，接受其任命的官职，另一方面则在宁夏境内构建独立的统治体系，甚至拥有自己的财税系统和武装力量。

马鸿逵的军队在宁夏负责地方防务，虽然没有大规模出省作战，但宁夏作为西北的稳定区域，为抗战后方提供了一定的物资支持，不过其统治本质上仍是地方割据，国民政府难以对宁夏实现真正有效的直接管辖。

新疆在抗战时期的情况较为特殊，前期主要由盛世才掌控。盛世才出身东北军，后在新疆崛起，成为割据一方的 “新疆王”。

他初期实行 “反帝、亲苏、民平、清廉、和平、建设” 的六大政策，与苏联建立了密切联系，在新疆形成了独立于国民政府的统治体系。

抗战爆发后，盛世才表面上接受国民政府的领导，但其实际政策更多基于自身利益考量。新疆作为苏联援华物资的重要通道，在抗战前期发挥了重要作用，苏联的援华物资通过新疆运往内地。

然而，盛世才对国民政府的势力进入新疆保持高度警惕，极力维护自己在新疆的独裁统治，直到 1944 年盛世才倒台后，国民政府才逐步加强对新疆的控制，但地方势力的影响仍长期存在。